A legnagyobb Skoda új hathengeres dízelmotorja nemcsak erősebb, de tisztább üzemű is mint elődje. Az alapjaiban változatlan 2,5 literes TDI motor újabb változata 155 helyett 163 lóerős, legnagyobb nyomatéka 350 Nm, azaz pontosan 40-nel több mint a korábbi hathengeresé. Emellett az új motor károsanyag-kibocsátása már megfelel az EU-4 normarendszernek. A megnövelt teljesítmény látszik az autó menetteljesítmény-adatain is: a Superb V6 TDI új változatának végsebessége 219-ről 223 km/h-ra növekedett, és 9,5 helyett 9,2 másodperc alatt képes álló helyzetből 100 km/h-ra gyorsulni. A fenti adatok természetesen a hatsebességes kézi váltóval felszerelt alapváltozatra vonatkoznak, de elődjéhez hasonlóan az újabb dízelmotor is megrendelhető ötsebességes Tiptronic váltóval.
