A Mercedes CLK kupé és kabrió változataiba rendelhető az új automata váltó, egyenlőre csak a négyhengeres 200-as és 230-as motorokhoz. A hatsebességes erőátviteli egységgel kuplungolás nélkül lehet váltani, csupán a váltókart kell mozdítani. Ez a megoldás már ismert a Porsche 911-es (Tiptronic) illetve a BMW modellekből (Steptronic), és ezekhez hasonlóan a Mercedes CLK Sequentronic esetében is választható a teljesen automata mód, amikor az elektronika váltogatja a sebességet. A Sequentronic váltó felára 1600 márka, és a gyár ígérete szerint a menetteljesítmények és a fogyasztás nem változik hagyományos kéziváltós modellekhez képest.
