Már csaknem két év telt el az új Pagani első beharangozója óta, de csak mostanra készült el az első végleges példány.
A fejlesztés elhúzódásának az az oka, hogy a típus gyakorlatilag új konstrukció: az alkatrészek 90%-a vadonatúj, csak a maradék 10% származik a korábbi Zonda F típusból. Egyebek közt - a márka történetében először - a motort is kicserélték. A korábbi 7,3 literes helyett az R számára egy kisebb, de pörgősebb 6 literes V12-est szállít a Mercedes házi tuningcége, az AMG, ez azonban nem jelenti, hogy hiányozna belőle az erő. Az új motor csúcsteljesítménye 750 lóerő 8000-es percenkénti fordulatszám mellett, maximális nyomatéka pedig 710 Nm. Az M120 jelzésű tizenkét hengeres sok tekintetben a versenymotorokra hasonlít, például száraz karteres kenést kapott, ami alacsonyabb belső ellenállást és kisebb tömeget eredményez.
A motorhoz többtárcsás versenykuplung és egy vadonatúj fejlesztésű, keresztben elhelyezett, hatfokozatú szekvenciális váltó csatlakozik. A többi alkatrész is a versenyautókra jellemző megoldásokat hordoz: kovácsolt alumínium futóműelemeket, a repülőgépekben használthoz hasonló biztonsági üzemanyagtartályt és karbonszálas műanyag vázszerkezetet alkalmaztak a tervezők. Az autó méretei is változtak az elődökhöz képest: a tengelytáv 47, a hossz 394, a nyomtáv pedig 50 mm-rel növekedett, így sikerült javítani az autó útfekvésén: a gyáriak szerint csaknem 1,5 g oldalgyorsulás érhető el az autóval megcsúszás nélkül.
A Zonda R persze elsősorban műalkotás és értéktárgy, és csak másodsorban telivér versenysportkocsi. Mivel összesen tíz példány készül belőle, egyenként 1,2 millió euró körüli áron, leendő gazdái valószínűleg óvatosan használják majd - már aki egyáltalán ki meri majd vinni a biztonságos garázsból -, hiszen egy kisebb sérülés is komolyan csökkentheti a méregdrága sportkocsi értékét, a szervizszámlán pedig könnyen szerepelhet hat számjegyű összeg is - persze euróban számolva.