Most már az összes Mondeo megfelel az Euro4 előírásoknak. Eddig két motor, a régi 2 literes, 90 lóerős TDDi és a legerősebb, 155 lovas, 2,2 literes TDCi-dízel lógott ki a sorból, de az előbbit lecserélte, az utóbbit pedig átalakította a Ford.
A Mondeo csúcsdízele a tisztító kúra keretei közt elektronikusan vezérelt változtatható geometriájú turbófeltöltőt kapott, így nemcsak a károsanyag-kibocsátás csökkent, de a motor karaktere is előnyére változott. A teljesítmény- és nyomaték-csúcsértékek ugyan nem változtak meg, de már 1250-es percenkénti fordulatszámtól használható mennyiségű nyomatékot szolgáltat a motor. A régi kétliteres TDDi-motort a 115 és 130 lóerős, közös nyomócsöves befecskendezésű TDCi-motorok egy csökkentett teljesítményű, 90 lovas változata váltja fel a Mondeóban, így a 2006. január elsejétől kötelezővé váló Euro4 szabványnak már a típus összes változata megfelel.
A Ford ezzel talán az utolsó fejlesztéseket végzi régi, saját fejlesztésű dízelein, amelyekkel manapság a Mondeón kívül már csak haszonjárművekben találkozhatunk: az újabb fejlesztésű modellekben ugyanis már mindenütt a PSA-val közösen fejlesztett új dízelmotorokat használják.